يقع المتحف في منطقة أثرية من أجمل المناطق الموجودة بأسوان، حيث يحتل ربوة عالية تجاوره القباب الفاطمية الإسلامية ويتميز بالطراز النوبي المعماري الذي استوحاه المصممون من المقابر الفرعونية وحصل المبنى على جائزة أجمل مبنى معماري في العالم عام 2001.
ويحرص العديد من الأفواج السياحية الزائرة لمحافظة أسوان على زيارة متحف النوبة، بجانب الإقبال الملحوظ من قبل الزائرين سواء من داخل المحافظة أو خارجها من السائحين الأجانب وأيضًا المصريين، ويتزايد الإقبال على زيارة المتحف خلال المناسبات والأعياد المختلفة مثل شم النسيم وعيدى الفطر والأضحى، وغيره من الفعاليات المتنوعة.
ويتكون المتحف من ثلاثة أدوار، الأرضي يضم مدخل رئيسي وقاعة عرض وقاعة المحاضرات وقاعة لكبار الزوار وغرف الأمن والإدارة وغرفة مدير عام المتاحف، والدور الأول يضم الكافيتريا والمكتبة وأمناء المتحف وحجرات تصوير فوتوغرافي وميكروفيلم وإدارة المتحف والخدمات ، والبدروم يحتوي على قاعة العرض الرئيسية ومعامل الترميم والورش ومخازن الآثار ومركز استقبال والمسرح المكشوف.
ومن أشهر الآثار هيكل عظمي لإنسان عمره 200 ألف سنة كان قد عثر عليه سنة 1982 في منطقة الكوبانيه بأسوان، ويحتوي المتحف على 5 آلاف قطعة أثرية تمثل مراحل تطور الحضارة والتراث النوبي، حيث إن العرض الخارجي للمتحف يضم 86 قطعة فريدة من التماثيل الكبيرة واللوحات الأثرية مختلفة الأحجام.
كما يضم المتحف حديقة متحفية على أعلى مستوى، وقطعا أثرية من عصور مختلفة، وكهف ما قبل التاريخ بنقوشه الصخرية الرائعة البيت النوبي وما يحيطه من بحيرة مئذنة على الطراز الإسلامي كله يتناسب مع الجبانة الفاطمية بهذه المنطقة 5000 سنة من التاريخ.
والمتحف عبارة عن نافذة للعالم داخل تاريخ النوبة الطويل من خلالها تستطيع أن تفهم تاريخ النوبة والذي يبدأ من عصور ما قبل التاريخ ببطاقات توضيح باللغتين العربية والإنجليزية تعرض الحضارة النوبية جنبا إلى جنب مع الحضارة المصرية.
والمنطقة التي تمثل مجموعاتها القطع الرئيسية بالمتحف بلانة وقسطل هذا الكشف الذي قام به العالم الأثرى ووالترز امرى 1929-1931 والذي قال عنه علماء الآثار إنه لا يقل عن كشف مقبرة توت عنخ آمون في مصر، والذي اكتشفها هوا رد كارتر 1924 في هذه المقابر مجموعة ثرية من الحلي، والأسلحة، وأوعية فخارية، وبرونزية، وتيجان فضية مرصعة بالأحجار الكريمة، ومصابيح برونزية تمثل القرن السادس الميلادي، والنوبة المسيحية وما يمثلها من أيقونات، وفرسكو، وأدوات وأوانٍ فخارية، وتوضيح للإدراك التدريجي للإسلام داخل النوبة، وبردية البقط، وملابس على الطراز المملوكي، وأوانٍ من الفخار المطلي على الطرز الفارسية.
كما يعبر المتحف عن تمثيل للحياة في النوبة قبل التهجير من خلال السلال المتنوعة من سعف النخيل، وأدوات الري والزراعة، التعليم، والعمارة النوبية، والعادات والتقاليد النوبية المختلفة، بجانب وجود معرض النوبة الغارقة افتتح في 2001 تحت رعاية المكتب العلمي للسفارة الإيطالية، وهو عبارة عن معرض توثيقي يعرض الصور الفوتوغرافية للمواقع النوبية قبل الإنقاذ حوالي 180 صورة تبرعت بها البعثات التي عملت في منطقة النوبة منذ 1900 واستمرت لفترات متفرقة لمدة 60 سنة من خلال أعمالهم ألقوا الضوء على الفن والتراث الحضاري للنوبة.
